Aiffres était, dès le milieu du 10e siècle (948), une viguerie du Duché d’Aquitaine. Depuis 854, la région est dominée par la Maison de Poitiers-Aquitaine, de laquelle est issue la double lignée des Comtes de Poitiers et des Ducs d'Aquitaine.
La viguerie d’Aiffres constituait la limite entre le Poitou et l’Aunis-Saintonge. Cette limite reprenait ainsi la frontière naturelle que constituait la Guirande, en séparant le territoire gaulois des Pictons (situé sur la rive droite de la rivière) de celui des Santons (situé sur l’autre rive).
Le mariage d'Aliénor d'Aquitaine avec Henri II Plantagenêt, qui devient Roi d'Angleterre en 1154, fait basculer le vaste Duché d'Aquitaine sous la domination anglaise.
S'ouvre alors une longue période de troubles. La région, au contact de plusieurs provinces, est l'enjeu de nombreux conflits, opposant les Plantagenêt aux Capétiens puis aux Valois. Ces conflits culmineront lors de la Guerre de Cent Ans. En 1453, ce qui restait des territoires d'Aliénor d'Aquitaine est définitivement intégré au Royaume de France, et Aiffres à la province du Poitou.
De 1520 à 1598, le Poitou est victime des Guerres de Religion opposant huguenots et catholiques. Après une accalmie, les persécutions contre les protestants reprennent sous Louis XIV, lors des dragonnades, particulièrement en 1681 et juillet 1685.
En 1790, Aiffres est rattachée au département des Deux-Sèvres. En 1793 la commune est intégrée au district de Niort (devenu arrondissement en 1801), et au canton de Prahecq.
En 1836, la commune de Saint-Maurice-du-Mairé fusionne avec celle d'Aiffres.
Depuis les années 1970, Aiffres connaît un essor démographique important en lien avec celui de la ville voisine de Niort. Entre 1975 et 1982, le nombre d’habitants de la commune passe de 1 861 à 3 756. Aujourd'hui, Aiffres fait partie de la communauté d'agglomération du Niortais.
Depuis 2006, la commune est jumelée avec la ville d’Amlamé, au Togo.
En 2015 disparaît le canton de Prahecq. Depuis, Aiffres fait partie du canton de la Plaine Niortaise.
